Segun distintos benchmarks aplicados a la nueva maquina Virtual de Java (JVM) Hotspot y en especial al Nuevo verificador de tipos (Verifier) demuestran que Java SE6 es todo un ganador.
Mientras que algunos pruebas se obtuvieron sorprendentes resultados de mejoras hasta en un 40%, en promedio el desempeño mejoro en un 20%.
Benchamrks
En este link se comparan Maquinas virtuales de distintos fabricantes, entre las que se encuentran IBM SDK 5.0 SR3, BEA JRockit 5.0, J2SE 5.0 y Java SE 6.
En este link comparan el rendimiento de Java SE6.
Debate
Y aqui hay una discusion muy interesante